สถาบันค้นคว้าและพัฒนาผลิตภัณฑ์อาหาร มีชื่อย่อว่า "สถาบันอาหารฯ" เดิมคือฝ่ายศึกษา ทดลอง และวิจัยขององค์การอาหารสำเร็จรูป (อสร.) ซึ่งมีหน้าที่จัดหาเครื่องจักรอุปกรณ์การผลิตและทดลองผลิตอาหารให้แก่ กองทัพก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2498 ณ บริเวณภายในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ โดยมีศาสตราจารย์อมร ภูมิรัตน เป็นหัวหน้าฝ่ายศึกษาทดลองและวิจัย ดังกล่าว ต่อมา อสร. ได้จัดตั้งโรงงานขนาดใหญ่ขึ้น ที่อำเภอบ้านโป่ง จังหวัดราชบุรี จึงไม่มีความจำเป็น ต้องใช้ฝ่ายศึกษาทดลองวิจัยอีกต่อไป คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติให้โอนฝ่ายศึกษาทดลอง และ วิจัยนี้ให้แก่ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 30 กันยายน 2511 ซึ่ง ขณะนั้น ศาสตราจารย์อินทรีย์ จันทรสถิตย์ ดำรงตำแหน่ง อธิการบดีมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
สถาบันค้นคว้าและพัฒนาผลิตภัณฑ์อาหาร ชื่อภาษาอังกฤษว่า Institute of Food Research and Product Development (IFRPD) ก่อตั้งอย่างเป็น ทางการขึ้นเมื่อวันที่ 30 กันยายน 2511 โดยมี ศาสตราจารย์อมร ภูมิรัตน เป็นผู้อำนวยการคนแรก สถาบันอาหารฯ เป็นสถาบันเฉพาะทางทำหน้าที่ศึกษาวิจัย ด้านวิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยีการอาหาร เพื่อเป็นแหล่งข้อมูล และให้บริการวิชาการแก่สังคมตลอดจนทำการวิจัยตามนโยบายของรัฐบาลเพื่อแก้ไขปัญหา ทางเศรษฐกิจของประเทศที่เกี่ยวข้องกับผลิตผลทางการเกษตร